Οι αρμοδιότητες του Αυτοτελούς Τμήματος Κλινικής Διατροφής είναι:
Φροντίζει για τη διατροφική υποστήριξη των ασθενών, είτε αυτοί νοσηλεύονται, είτε αυτοί επισκέπτονται τα τακτικά εξωτερικά ιατρεία, με ελεύθερη ή ειδική διαιτητική αγωγή, την πληροφόρηση και εκπαίδευση τους, καθώς και την καταπολέμηση του υποσιτισμού και της δυσθρεψίας, δηλαδή των προβλημάτων που απορρέουν από την παχυσαρκία ή από την ανεπαρκή ποσοτικά ή και ποιοτικά διατροφική υποστήριξη τους.
Το Τμήμα αυτό μπορεί να αναλαμβάνει σε συνεργασία με την 6η ΥΠΕ ή με το Υπουργείο Υγείας, την ενημέρωση και εκπαίδευση του πληθυσμού στο πλαίσιο της πρωτοβάθμιας περίθαλψης υγείας, με στόχο την προστασία και προαγωγή της υγείας. Επίσης, ασκεί όποια άλλη αρμοδιότητα προβλέπεται στο άρθρο 134 του ν. 4052/2012.